Penceraiannya dengan isterinya, Marike pada Oktober 1998 dan perkahwinan semula dengan Elita Georgiades telah mencetuskan skandal di Afrika Selatan. Negara juga dikejutkan dengan pembunuhan bekas isterinya semasa suatu perompakan, ditangan seorang pengawal keselamatan.

Pada 2004, de Klerk telah keluar dari parti Parti Kebangsaan Baru setelah parti tersebut mengumumkan penggabungan dengan parti kerajaan ANC.